1871年（明治4年）に官幣中社に列するとともに「北野神社」と改名させられる。「宮」を名乗るためには祭神が基本的には皇族であり、かつ勅許が必要であったためである。旧称の北野天満宮の呼称が復活したのは、戦後の神道国家管理を脱したあとである。

中世になっても菅原氏・藤原氏のみならず足利将軍家などからも崇敬を受けた。だが、当時北野天満宮を本所としていた麹座の麹製造の独占権を巡るトラブルから文安元年（1444年）に室町幕府軍の攻撃を受けて天満宮が焼け落ちてしまい、一時衰退する（文安の麹騒動）。

天正15年（1587年）10月1日、境内において豊臣秀吉による北野大茶湯が催行された。境内西側に史跡「御土居」がある。

江戸時代には道真の御霊としての性格は薄れ、学問の神として広く信仰されるようになり、寺子屋などで当社の分霊が祀られた。

永延元年（987年）に初めて勅祭が行われ、一条天皇より「北野天満宮天神」の称が贈られた。正暦4年（993年）には正一位・右大臣・太政大臣が追贈された。以降も朝廷から厚い崇敬を受け、二十二社の一社ともなった。

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延喜3年（903年）、菅原道真が無実の罪で配流された大宰府で歿した後、都では落雷などの災害が相次いだ。これが道真の祟りだとする噂が広まり、御霊信仰と結びついて恐れられた。
そこで、歿後20年目、朝廷は道真の左遷を撤回して官位を復し、正二位を贈った。天慶5年（942年）、右京七条に住む多治比文子（たじひのあやこ）という少女に託宣があり、5年後にも近江国の神官の幼児である太郎丸に同様の託宣があった。
それに基づいて天暦元年6月9日（947年）、現在地の北野の地に朝廷によって道真を祀る社殿が造営された。
後に藤原師輔（時平の甥であるが、父の忠平が菅原氏と縁戚であったと言われる）が自分の屋敷の建物を寄贈して、壮大な社殿に作り直されたと言う。

京都府京都市上京区馬喰町

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北野天満宮