大師堂（重文）−毘沙門堂、五大堂のさらに奥にある入母屋造、柿（こけら）葺きの住宅風の仏堂。空海の住房であった「納涼房」を復興したもので、現存するものは近世初期の再建である。内部の厨子に正安4年（1302年）作の板彫弘法大師像（重文）を安置する。
金堂−楼門を入って境内奥へ進み、右手の石段を上った先に建つ。入母屋造、本瓦葺きの本格的な密教仏堂であるが、建築年代は新しく、昭和9年（1934年）に実業家山口玄洞の寄進で建てられたものである。
楼門−参道から急な石段を上りつめた先に建つ正門。毘沙門堂などと同様、元和9年（1623年）の建立とされる。
| 山号 |
高雄山 |
| 宗派 |
高野山真言宗 |
| 寺格 |
遺跡（ゆいせき）本山 |
| 本尊 |
薬師如来（国宝） |
| 創建年 |
天長元年（824年） |
| 開基 |
和気清麻呂 |
| 正式名 |
高雄山 神護国祚真言寺 |
| 別称 |
高雄神護寺 |
京都市右京区梅ヶ畑高雄町5
