宝暦4年（1754年）、医学者・山脇東洋が京都所司代の許可を得て日本で初めて人体解剖を行った場所が六角獄舎である。解剖には死刑囚が用いられた。
幕末の混乱の中、井伊直弼の安政の大獄による政治犯や過激な尊皇攘夷派志士らが多く捕らえられて処刑されるようになる。
しかし反面、尊皇攘夷思想の強い囚人が集まったため牢内で囚人達に尊皇論を説いたり同志と知り合ったりなどという事もあったらしい。
元治元年7月19日（1864年8月20日）に始まった禁門の変に伴い生じた火災（どんどん焼け）は、京都市中に広がり六角獄舎にも及ぶ恐れが生じた。
管理を任されていた京都町奉行官吏は過激な志士達の脱走を恐れて、いまだ判決が定まっていなかった生野の変首謀者・平野国臣など囚人33人を斬罪に処してしまう。
しかし六角獄舎に火は回って来なかった。これについて、安政の大獄で捕らえられていた村井正礼が記した手記『縲史』に当時の生々しい記録が残る。さらに、先月の池田屋事変の折に捕縛されていた尊皇攘夷志士（古高俊太郎ら）も斬罪。この件は新選組の仕業と疑われるようになる。
2008年3月22日
六角獄舎跡